口袋妖怪火红版本中有多个可捉到的神兽，包含固定点位的三圣鸟、超梦，以及通关后游走的三圣兽，还有需特殊道具触发的洛奇亚、凤王与代欧奇希斯。
固定点位神兽是前期可稳定捕捉的核心目标。急冻鸟位于双子岛深处，需用冲浪与劲力技能推石导流，解开迷宫谜题后可在底层遇见50级个体，冰飞属性，特性为压力。闪电鸟藏在无人发电厂最深处，沿左墙推进可快速抵达，同样50级，电飞属性，地面系技能对其无效。火焰鸟在一之岛灯火山顶，需穿越熔岩洞穴，50级火飞属性，岩石系技能可造成四倍伤害。超梦则在华蓝洞窟最底层，需完成七之岛剧情并集齐冲浪、攀瀑技能后进入，70级超能力属性，特攻与速度极高，捕捉难度最大。
通关后解锁的游走神兽机制特殊，与初始选择绑定。登入名人堂后，关都地区与七之岛全域会随机刷新三圣兽：选杰尼龟对应雷公，妙蛙种子对应炎帝，小火龙对应水君。它们等级60级，登场后会在地图持续移动，遇战后可能逃跑，需用高速精灵控速、催眠或麻痹限制行动，再用高级球或时间球捕捉，时间球在30回合后捕捉率远超高级球。
特殊神兽需解锁隐藏剧情与专属道具。洛奇亚与凤王位于肚脐岩，需神秘船票抵达，洛奇亚在最深处70级，凤王在山顶70级。代欧奇希斯在诞生之岛，需极光船票，通过最短路线调查陨石触发对战，形态为速度型，捕捉时需提前存档防误杀。捕捉所有神兽前，需准备刀背击打精灵控血至1HP，催眠/麻痹精灵控状态，搭配大量高级球与时间球，关键对战前存档避免失误。
神兽捕捉后可极大提升队伍上限，三圣鸟适配速攻队，超梦适配特攻核心队，三圣兽适合游走骚扰，洛奇亚与凤王擅长辅助续航，代欧奇希斯主打高速收割。集齐全部神兽不仅完成图鉴，还能解锁对战多元玩法，适配不同对战场景的阵容搭配。
